Σε νεκρή ζώνη έχει μετατραπεί ο βυθός του Αμβρακικού, θέτοντας σε άμεσο κίνδυνο την αλιευτική παραγωγή, τη διατήρηση της βιοποικιλότητας και την ποιότητα των νερών σε έναν από τους μεγαλύτερους κλειστούς κόλπους της χώρας.Οι επιστήμονες κάνουν λόγο για νεκρό πυθμένα στο μεγαλύτερο μέρος του κόλπου κι εκπέμπουν σήμα κινδύνου, επισημαίνοντας πως ο Αμβρακικός είναι "βαριά άρρωστος". Για την οικολογική επιβάρυνση -που πάντως φαίνεται να είναι αναστρέψιμη- ενοχοποιείται η αδιάκοπη ρύπανση από ανθρωπογενείς δραστηριότητες. Εδώ και χρόνια -τονίζουν οι ειδικοί- στον διεθνούς σημασίας κλειστό κόλπο της δυτικής Ελλάδας πέφτουν, μέσω του Λούρου και του Αραχθου, λιπάσματα και φυτοφάρμακα γεωργικών καλλιεργειών, ανεπεξέργαστα λύματα οικισμών, χοιροτροφείων, πτηνοτροφείων, ελαιοτριβείων και ανεξέλεγκτων χωματερών."Στο μεγαλύτερο τμήμα του βυθού δεν υπάρχει ζωή, γεγονός που έχει σημαντικές επιπτώσεις στην ποιότητα του οικοσυστήματος, στη βιοποικιλότητα και στην αλιευτική παραγωγή", υπογραμμίζε μιλώντας στην εφημερίδα "ΕΘΝΟΣ" ο
Γιάννης Λεονάρδος, αναπληρωτής καθηγητής του Τμήματος Βιολογικών Εφαρμογών και Τεχνολογιών στο πανεπιστήμιο Ιωαννίνων, που διεξήγαγε -μαζί με μία μεγάλη ομάδα ερευνητών- σχετική μελέτη το φθινόπωρο και τον χειμώνα του 2009, στο πλαίσιο του προγράμματος "Διαχείριση, αποκατάσταση και βελτίωση του διεθνούς υγροτόπου Αμβρακικού".Οπως προσθέτει ο ίδιος "το βένθος (σ.σ. οι μικροοργανισμοί που ζουν σε μεγάλα βάθη και στον πυθμένα θαλάσσιων οικοσυστημάτων) είναι ο καθρέφτης της υγείας ενός οικοσυστήματος. Είναι κάτι αντίστοιχο με το έδαφος για την ξηρά. Μπορεί να υποστηρίξει ζωή ένα έδαφος μολυσμένο;".Οι μετρήσεις από 17 δειγματοληπτικούς σταθμούς που τοποθετήθηκαν σε όλη την έκταση του κόλπου απέδειξαν πως η ζωή έχει περιοριστεί στα ανώτερα στρώματα, αφού από ένα σημείο της στήλης του νερού και μέχρι τον πυθμένα επικρατεί πλήρης έλλειψη οξυγόνου. Αυτό το "σημείο-μηδέν" εξαρτάται από τις εποχές, τις παροχές του γλυκού νερού, τα ρεύματα που αναπτύσσονται και την αφθονία του φυτοπλαγκτού.